მანანა თანდაშვილის სამეცნიერო მოღვაწეობა ძირითადად უკავშირდება ენის მოდელირების, ენათა ელექტრონული დოკუმენტირებისა და კორპუსის ლინგვისტიკის საკითხებს. ასპირანტურის დამთავრების შემდეგ 1992-1997 წლებში მუშაობდა ქართული ენის მოდელირების საკითხებზე პროფესორ თედო უთურგაიძის სამეცნიერო ჯგუფში. 1995-1998 არნოლდ ჩიქობავას სახელობის ენათმეცნიერების ინსტიტუტში ხელმძღვანელობდა ენის კომპიუტერული დამუშავების საკითხებისადმი მიძღვნილ სამეცნიერო კონფერენციებს და ირაკლი ძოწენიძესთან ერთად გამოსცემდა ჟურნალს „ენის კონცეპტუალური და კომპიუტერული მოდელები“. პროფესორ იოსტ გიპერტთან და ირაკლი ღარიბაშვილთან ერთად აქტიურად თანამშრომლობდა ქართული შრიფტების – ასომთავრულისა და ნუსხა-ხუცურის უნიკოდში (UNICODE) ინტეგრაციის საკითხებზე.
1999-2001 წლებში კითხულობდა ლექციებს მიუნხენის მაქსიმილიანეს სახელობის უნივერსიტეტში, 2007-2008 წლებში მიწვეული იყო იენის შილერის სახელობის უნივერსიტეტში კავკასიოლოგიის კათედრის ხელმძღვანელად. 2002 წლიდან ხელმძღვანელობს კავკასიოლოგიას ფრანკფურტის გოეთეს სახელობის უნივერსიტეტის ემპირიული ენათმეცნიერების ინსტიტუტში. ფაკულტატიური სემინარის „კავკასიოლოგიის სპეციალური პრობლემების“ ბაზაზე 2010 წელს დააარსა ფრანკფურტის ლინგვისტური წრე, რითაც სტუდენტებსა და დოქტორანტებს საშუალება მისცა ვიწრო აკადემიურ წრეში წინასწარ გამოიტანონ სადისკუსიოდ რეფერატები, საკურსო, სადიპლომო და სადისერტაციო ნაშრომები. ზაქარია ფურცხვანიძესთან ერთად ქართველური და კავკასიური ენებისათვის შეიმუშავა სწავლების თანამედროვე დიდაქტიკური სცენარი „24 საათიანი სასწავლო სივრცე“ და შექმნა ქართული ენის სწავლების ინოვაციური პლატფორმა ფრანკფურტის უნივერსიტეტში. იყენებს ელექტრონული ლექციების (eLecture) ფორმატს და სალექციო კურსებს კავკასიოლოგიაში ატარებს ელექტრონული სწავლების მართვის სისტემის OLAT-ის ბაზაზე.
2012 წელს დააარსა ბათუმის საზაფხულო სკოლა დიგიტალურ ჰუმანიტარიაში და ევროპელ და ქართველ კოლეგებთან თანამშრომლობით სისტემატურად ატარებს საქართველოში სეზონურ სკოლებს (იხ. ბათუმის საზაფხულო სკოლა, თბილისისა და ბაკურიანის ზამთრის სკოლები).